9月16日0—24时，31个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团报告新增确诊病例9例，均为境外输入病例(上海4例，陕西2例，河南1例，广东1例，云南1例)；无新增死亡病例；新增疑似病例1例，为境外输入病例(在上海)。
当日新增治愈出院病例11例，解除医学观察的密切接触者728人，重症病例较前一日增加1例。
境外输入现有确诊病例141例(其中重症病例1例)，现有疑似病例1例。累计确诊病例2674例，累计治愈出院病例2533例，无死亡病例。
截至9月16日24时，据31个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团报告，现有确诊病例141例(其中重症病例1例)，累计治愈出院病例80448例，累计死亡病例4634例，累计报告确诊病例85223例，现有疑似病例1例。累计追踪到密切接触者824740人，尚在医学观察的密切接触者6496人。
31个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团报告新增无症状感染者14例(均为境外输入)；当日无转为确诊病例；当日解除医学观察21例(均为境外输入)；尚在医学观察无症状感染者354例(境外输入353例)。
累计收到港澳台地区通报确诊病例5530例。其中，香港特别行政区4984例(出院4663例，死亡102例)，澳门特别行政区46例(出院46例)，台湾地区500例(出院477例，死亡7例)。